RNA二级结构预测

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​ trna二级结构的预测可使用RNA Structure的预测服务器 http://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructureWeb/index.html。已知trna的数据下载可进入gtrnadb数据库网站 http://gtrnadb.ucsc.edu/ 下载相关序列。

例:预测爬行动物北美绿色安乐蜥的tRNA trna166-ArgTCG 的序列的二级结构

进入gtrnadb数据库查找trna166-ArgTCG 的序列

1.gtrnadb下载脊椎动物序列集,进入[Download]页面可以看见有三种trna数据集以及一个all序列数据集,下载All tRNAs (GtRNAdb-all-tRNAs.fa.gz)或者Eukaryotic tRNAs (eukaryotic-tRNAs.fa.gz)

jietu.jpg

2.将数据传入linux环境下筛选数据,运行一下命令获得trna166-ArgTCG 的序列

解压eukaryotic-tRNAs.fa.gz:

gunzip eukaryotic-tRNAs.fa.gz

查看一下序列的内容:

jietu111.jpg

查找Anolis_carolinensis_chr2.trna166-ArgTCG序列:

grep -n -o "Anolis_carolinensis_chr2.trna166-ArgTCG" eukaryotic-tRNAs.fa

jietu1.jpg

截取序列输出保存为Anolis_carolinensis_chr2_trna166.txt文件,这里为什么选择输出第88、89、90行?是因为第88行是序列名称类型等相关信息,第89,90行才是序列:

head -n 90 eukaryotic-tRNAs.fa |tail -n 3 >Anolis_carolinensis_chr2_trna166.txt

查看序列:

cat Anolis_carolinensis_chr2_trna166.txt

jietu1111.jpg

3.将序列文件导入到RNA Structure的预测服务器 http://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructureWeb/index.html

进行结构预测。

进入RNA Structure界面,选择Predict a Secondary Structure

RNA Structure界面

进入后,按要求提交数据 提交界面

等待得到预测的结果 预测结果


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