Hisat2官网上人类基因组索引的下载

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Hisat2是现在很流行的主流比对软件,在现实生活中的mRNA-seq中,有很多时候我们需要将拿到的转录组与参考基因组进行比对 。与大多数比对软件一样,在进行比对前需要先建立参考基因组的索引,遇到比较大的参考基因组时如人类基因组,建立索引可能要耗费很长时间。 但是Hisat2为我们考虑到了这一步,在其官网上有现成的人类基因组的索引文件,我们只需将索引文件下载下来便可开始比对 如 下载GRch38的基因组索引

wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/grch38.tar.gz

下载GRch37的基因组索引

wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/grch37.tar.gz

下载好将文件解压便可开始比对,节省了很多时间

万不要傻乎乎的先去下载人类基因组,再用Hisat2-build建立索引


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